A região de Jundiaí, até início do século XVII, era habitada exclusivamente por povos indígenas; alguns grupos viviam em clãs familiares, caracterizando-se pelo nomadismo e outros eram sedentários. De origem tupi, se dedicavam à produção de milho e de mandioca. Eram povos guerreiros, bons caçadores e pescadores, organizando-se em aldeias compostas por cabanas circulares feitas de tronco e cobertas de palha. Parte da cultura indígena foi incorporada pelos brancos colonizadores, como a utilização de queimadas na lavoura.

O povoamento do sertão de "Mato Grosso de Jundiahy", como era denominado o extremo território ao norte da vila de São Paulo, que hoje compreenderia a região de Jundiaí, Campinas e todo o nordeste do estado até a divisa com Minas Gerais no Rio Grande, iniciou-se próximo ao Rio Jundiaí com a chegada da Rafael de Oliveira, sua mulher Petronilha Rodrigues Antunes e filhos, em 1615, que deram ao povoado a denominação de "Nossa Senhora do Desterro de Jundiaí".

Em 1655, Jundiaí marcava o limite norte do povoamento da Capitania de São Vicente. Esse povoamento acusava dois rumos principais: um de Jundiaí para leste, atingindo a zona montanhosa banhada pelo Rio Atibaia e outro de Jundiaí para o norte, alcançando o vale do Rio Mojiguaçu. No primeiro caso, surgiu a fundação do povoado de Atibaia na Fazenda de São João, por Jerônimo de Camargo, onde, em 1655, se fixaram os índios trazidos do sertão pelo padre Mateus Nunes de Siqueira, povoado que passou a ser capela-curada em 1680. Cerca de 1676, surgiu a povoação de Nazaré. Depois da descoberta das minas de Goiás no século XVIII, chegou a traçado definitivo o "Caminho dos Guaiases", partindo de Jundiaí, atravessando as povoações de Mojimirim e Mojiguaçu, rumando para o noroeste por áreas que, mais tarde, formariam o sul de Minas Gerais.

No ano de 2011, apresentou um produto interno bruto de mais de R$21,8 Bilhões, colocando o município na 23° posição em todo o país, à frente de quatorze capitais, sendo o nono município mais rico estado de São Paulo. Em 2013, seu índice de desenvolvimento humano atingiu 0,822, levando a cidade à 11° melhor posição do Brasil e quarta melhor do estado.